手動變速器工作原理是通過用手撥動變速桿改變變速器內的齒輪嚙合位置，不同大小的齒輪組合與動力輸出軸組合，從而改變驅動輪的扭矩和轉速。

自動變速器則主要有多種類型，常見的如液力自動變速器(AT)、機械式無級變速器(CVT)、電控機械式自動變速器(AMT)和雙離合自動變速器(DCT)。其中 AT 由液力變矩器、行星齒輪和液壓控制系統組成，通過液力傳動和齒輪組合的方式改變速度和扭矩。比如液力變矩器就像兩個風扇對著，發動機帶動其中一個風扇轉，產生的風帶動另一個風扇跟著轉。

二者的區別首先在于原理不同。手動變速器靠手動改變齒輪嚙合位置實現變速，自動變速器根據行駛過程中的需要，通過操控加速踏板，自動變速器會自動根據發動機負荷和汽車的運行工況，自動換入不同擋位工作，實現自動換擋操縱。

其次操控方式不同，手動擋需要駕駛員掌握好時機，并配合離合器進行換擋操作，而自動擋則由變速器根據設定的程序自動進行操作，不需要人工干預。

再者性質不同，手動變速箱必須用手撥動變速桿才能改變變速器內的齒輪嚙合位置，實現傳動比的改變，而自動變速箱則能夠根據汽車車速和發動機轉速自動進行換擋操縱。

還有結構不同，手動變速箱由行星齒輪機構、離合器、制動器和單向離合器等執行元件組成，而自動變速箱則采用泵輪、渦輪和導輪組成的三元件閉鎖式綜合液力變矩器。

總之，手動變速器和自動變速器各有特點。手動變速器性能穩定，傳動效率高，燃油利用率高，駕駛起來有暢快的感覺，富有駕駛樂趣，但對駕駛技術要求高。自動變速器操作方便，具有靈活的變速比。