法拉利 599 的限量版具有很多特殊之處。

首先是法拉利 599 SA APERTA，為紀念賓尼法利納誕辰 80 周年打造，全球限量 80 輛。外觀上，它與普通硬頂版 599 基本一致，但前風擋玻璃更低矮傾斜，車身懸掛更低。軟頂敞篷設計，車身剛性極強，以彌補軟頂敞篷車頂無鋼梁輔助的缺陷。動力搭載 6.0 升 V12 自然進氣引擎，最大馬力 670HP，百里加速 3.6 秒，極速 330km/hr。

還有法拉利 599 GTB Fiorano 中國限量版，創意來自宋代“哥窯瓷器”，車身冰玉色漆底繪有哥窯開片瓷紋圖案，外部鑲有“中國”二字琺瑯牌，啟動鍵背底取材珠寶品牌玉石并刻有小篆體“啟動”，轉速表數字為秦風小篆字體，后備箱行李箱繡有絲綢之路。搭載 6.0L V12 發動機，最高時速 330 千米每小時，原價基礎上增加 700 萬元，成交價超 1200 萬。

法拉利 599 GTO 作為法拉利有史以來速度最快的公路跑車，限量生產 599 部，借鑒賽車經驗，采用新技術新材料減重 100 公斤，空氣動力學套件使下壓力達 599 GTB Fiorano 的兩倍，極速 335 公里/小時。發動機 6.0 升 V12，最大馬力 670 匹，0-100km/h 加速僅 3.35 秒。座艙功能性改善，內飾不簡陋，采用多種材質。方向盤轉角減少，響應時間縮短。采用最新款法拉利 F1 變速箱，換檔時間 60 毫秒，急剎時可連續降檔。燈光、后視鏡、方向盤調節方便，地板、踏板為鋁合金材質，座椅為賽車座椅。