馬自達 6 阿特茲的安全配置非常豐富。

被動安全方面，車身高強度鋼板使用比例高達 60%，前后防撞梁采用高達 1800MPa 核潛艇級別的高張力鋼，車門采用 M 型整體沖壓車門，內部加入多條側碰撞桿，還有十字截面沖撞盒、M 型車門防撞梁等設計，有效分散沖擊力，降低駕乘者在事故中的傷害。

主動安全方面，配備 i-ACTIVSENSE 智能安全輔助系統，包含 LDWS 車道偏離預警系統、HBC 遠光燈自動切換大燈功能、BSM 盲點監測系統、探測雷達和攝像頭等。

此外，還有自適應巡航系統、新型安全系統城市剎車系統、主動制動系統、巡航系統的自動轉向、自動開閉的 LED 大燈、胎壓監控功能、車輛穩定性控制功能等。

GVC 加速度矢量控制系統能提升車輛尾部動態穩定性，抑制入彎和出彎時車尾的不穩定，增強安全性和乘坐舒適性。i-STOP 智能怠速停止系統能縮短剎車距離和抑制制動點頭現象，百公里剎車距離僅 37 米。前大燈智能輔助照明系統能自行調節燈光設置，避免對向車輛駕駛員炫目，配合 AEB 夜間行人監測系統能快速識別夜間行人，避免碰撞。SCBS 低速剎車輔助系統能在制動過晚時最大程度減少對行人的傷害。阿特茲全系標配 8 個安全氣囊、電子駐車系統，各車型在安全配置上都毫不含糊，比如 2.0L 藍天時尚版就具備四安全氣囊、側氣簾、ESC 車身穩定控制系統、剎車輔助系統、ABS+EBD 防抱死系統等，能充分保障行車安全。