高速免費時在入口刷 etc 系統的處理方式如下：

ETC 車道駛入，ETC 車道駛出，不會被扣費。

人工車道駛入，人工車道駛出，不會被扣費。

ETC 車道駛入，人工車道駛出，可以正常通行，不會被扣費。但要注意，如果車輛在免費期間走 ETC 通道入口上高速，從 MTC 即人工通道下高速，ETC 系統不能完成完整交易，入口信息會留在車輛 ETC 設備中。

恢復收費后，該車若從人工通道領卡上高速，忘記從人工通道交還卡并下高速，直接從 ETC 出口下高速，系統會讀取免費時的入口信息進行扣費，可能導致扣費有誤。

裝有 ETC 的車輛，免費時間進高速，出高速最好也走 ETC 車道，這樣能保證車輛在高速公路 ETC 系統中有完整進出信息，防止下次進高速無法抬桿。

如果從 ETC 車道駛入高速，人工車道駛出高速，未形成完整交易，再次通行高速入口時，車輛會被攔截，需收費員人工干預處理。

若遇到扣費問題，可到 ETC 充值網點或高速辦事大廳現場處理，也可撥打 ETC 客服電話處理。

ETC 是電子不停車收費系統，通過車載電子標簽與收費站微波天線通訊，利用計算機聯網技術與銀行結算，車輛無需停車就能支付路橋費。