無鑰匙進入系統雖帶來便利，但也存在一些弊端。

首先是容易造成車內物品丟失。車主攜帶鑰匙接近汽車就會自動解鎖，若有人趁此機會按解鎖鍵，車輛就會處于無鎖狀態。

其次，安裝該系統通常會變動原車線路，存在安全隱患，不少改裝需重新連接原車線路，易導致燒原車電腦或短路。

再者，智能鑰匙內的電池需定期更換，否則影響系統正常工作，要是鑰匙丟失或損壞，更換或重新編程新鑰匙費時費錢。

還有，一些較舊的智能鑰匙系統可能易被黑客攻擊，導致車輛被盜。

此外，無鑰匙進入系統存在隱私泄露風險，手機等存儲私密信息的設備易被黑客入侵，造成個人隱私和財產安全問題。

技術方面，依賴無線通信技術可能因信號不穩定或設備故障無法正常開鎖，不同廠商系統存在兼容性問題。

安全性上，數字密碼、指紋識別等技術有被黑客攻擊模擬或破解的風險。

而且，該系統依賴外部設備，如手機、智能手表等，若忘帶或設備出問題無法使用，會帶來困擾。

不過，針對這些弊端也有應對方法。比如加強設備和網絡安全防護，提高用戶安全意識，發展更穩定可靠的無線通信技術，增加設備兼容性，研究開發更安全的識別和密碼技術等。