林肯航海家的安全配置非常豐富。

它擁有同級領先的主動安全配置，全系標配新一代林肯 Co-Pilot 360TM 2.1 智能輔助駕駛系統，包含 12 個超聲波雷達、6 個攝像頭、5 個毫米波雷達、1 個域控器、1 套高精地圖，還有多達 20 余項輔助駕駛功能。比如 PCA 防碰撞輔助系統能在前方車輛猛然剎停時自動剎停車輛。新增的左轉碰撞預警輔助功能，能在車輛左轉時針對視野盲區發出警報并自動剎停。在高速和城市特定路段，BlueCruise 主動駕駛輔助功能可實現 L2+級智能輔助駕駛，還采用駕駛員眼球和頭部監控領先科技，保障行車安全。i-ACC 智能自適應巡航系統支持 Stop&Go 自動跟車和 TSR 交通標識識別。LCA 道路居中輔助、LDW 車道偏離警告系統與 LKA 車道保持輔助系統，確保車輛保持在自身車道內。此外，新增車道內主動避讓功能和 ALC 自動變道輔助功能，保障變道安全。

在被動安全方面，林肯航海家遵循全球最嚴苛的標準。滿足 US-NCAP 和 C-NCAP 雙五星安全標準，采用 88km/h 后碰追尾測試標準，遠超國際安全標準。側氣簾設計遵循最嚴格的國際離位成員保護安全規范，對非正常坐姿的兒童也能周全守護。新車首次采用一體式門環結構，整車 1300Mpa 以上“潛艇級”熱成型硼鋼使用率超 32%，強度更高。

在空氣安全方面，林肯航海家搭載智能座艙“新風管家”系統，選用高效活性炭過濾器，擁有四重過濾結構，能有效過濾 94%的 PM0.3 顆粒物，吸附有害物質，防止車內產生異味。“新風管家”還擁有 PM2.5 智能監測系統、自動切換內外循環的藍盾系統、OAQS 艙外空氣質量監測系統，支持智能切換內外空氣循環，還具備座艙新風、解鎖新風和駐車新風三大功能。

林肯航海家在世界權威的汽車安全評估機構 IIHS 的評選中榮獲“Top Safety Pick+”即最高安全評級+大獎。