兩輪電動摩托車在有公交專用道的道路上，一般應在最右側機動車道行駛，而非公交專用道。兩輪電動摩托車本質上屬于機動車，這就決定了它要在機動車道內行駛。公交專用道通常有特定的使用規定和時段限制，大多情況下不允許電動摩托車駛入。在多條機動車道并存時，選擇最右側機動車道既符合交通法規，也能保障騎行的安全與秩序。

具體來說，當道路上劃分了明確的機動車道時，兩輪電動摩托車就應當在這些機動車道內行駛。倘若存在多條直行車道，按照規則和習慣，電動摩托車通常要行駛在最右側的直行車道上。這是因為最右側車道相對車流量較小，能減少與其他快速行駛車輛的交匯沖突，降低事故發生的風險。

在經過公交車站等特殊路段時，電動摩托車騎行者更要格外小心。一方面要合理使用轉向燈、超車燈等，清晰地向周圍車輛和行人傳達自己的行駛意圖；另一方面，安全通過這些特殊區域后，要繼續保持在右車道行駛，不隨意變道擾亂交通秩序。

另外，不同地區對于交通規則的執行和規定會存在一定差異。如果當地有特殊規定允許電動摩托車走非機動車道，那么騎行者可按照當地規定執行。但在大多數情況下，還是要遵循機動車道行駛的原則。

值得注意的是，若遇到道路施工、交通事故等特殊情況，導致無法在最右側車道正常行駛時，騎行者應按照交通警察的現場指揮，或者交通標志、標線的指示行駛。

總之，兩輪電動摩托車在有公交專用道的道路行駛，既要遵循基本的交通法規，選擇合適的機動車道行駛，又要留意各地特殊規定和特殊情況的應對方式，以確保騎行過程安全、有序。