手自一體變速器的換擋邏輯是這樣的：駕駛員操作換擋機構換擋，行車電腦接受信號判定是否執行該操作，若判定可行，行車電腦發出換擋指令，操縱機構執行換擋指令，從而完成換擋。

這就像在手機上玩賽車游戲，少了手動變速器那種機械碰撞的感覺。

常見的手自一體變速器操作模式主要有兩種：一是在變速器操縱桿部分集成手動控制，標有 M 或 S，并帶有 號和-號；二是在此基礎上增加集成在多功能方向盤上的換擋撥片，這兩種方式操縱簡便，容易上手。

手動模式啟用的情況有很多。比如在城市快速路或高速公路加速超車時，切換到手動模式降低檔位，利用低檔位的大扭力快速超車，能提高行車安全，因為自動擋車型深踩油門時高檔位扭力不大，會導致超車時間變長。

進出坡度很大或螺旋形狀的地下車庫時，手自一體車型切換到手動模式，用低檔位進出能保證行車安全，當然配備上坡輔助和陡坡緩降功能的車型可忽略。

在嚴重堵車時，切換到手動模式掛低檔位，避免變速器反復升檔降擋，減輕變速器負擔，保護變速器。

手自一體的轎車在正常行駛時能從 D 擋直接切換到 S 擋，對于絕大部分車型，切換后原本在自動擋的檔位會繼續保持。但家用車在某些情況下會自主升擋，比如轉速接近紅區或車速與擋位不匹配時。

另外，當駕駛者操作不滿足擋位齒比設定時，車輛不允許強制降檔。

使用手自一體變速器的手動換擋模式，把換擋桿切換至 M 擋位，向前推至+擋升 1 擋，向后拉至-擋降 1 擋，向左回撥恢復自動模式，手動和自動可隨時切換，無需剎車和松油門。

在手動模式下，根據發動機轉速決定升擋時機，超車前若變速器處于高擋位，要先降擋，保持發動機轉速在 2500rpm 左右能獲得提速所需扭矩。