三元催化清洗的方法主要有以下幾種：

草酸液清洗法：需要先將三元催化裝置拆卸下來，然后用按照 1：10 比例兌水的草酸溶液進行浸泡清洗，之后用清水沖洗干凈，再重新裝回車輛并試運行。但這種方法對草酸液的兌換比例和浸泡時間有嚴格要求，使用不當可能損壞內部結構，專業性較強，建議由專業人員操作。

免拆清洗法：包括打吊瓶和往燃油箱加入清洗劑。打吊瓶是將專用設備輸出接頭與真空管連接，啟動發動機，轉速控制在 2000 轉左右，打開流量控制閥，將清洗劑緩慢滴入進氣道，清洗時間約 30 - 40 分鐘，清洗完保持發動機轉速 3 - 5 分鐘排出殘液。往燃油箱加入清洗劑，操作相對簡單，車主可自行操作，但效果沒有打吊瓶明顯，適合三元催化輕微堵塞時使用。

還有一種車主自助式的清洗方法，在油箱剩下 1/4 時注入清洗劑，將產品倒入油箱，行駛 50 公里左右，然后前往加油站加油即可。

另外，在清洗三元催化器前，建議先對噴油嘴、節氣門、燃燒室進行積碳清洗，這樣清洗效果會更好。清洗時，要先用檢測工具檢查汽車發動機是否有故障，排除故障后再清洗。如果車輛上只有一個氧傳感器，使用一瓶清洗劑兌 5 - 6 升水，如果汽車是兩個氧傳感器，兩瓶清洗劑兌兩次水，分兩次清洗。清洗過程中車輛要保持怠速運轉，偶爾踩油門以便臟物排出。浸泡完成后，再次按照清洗步驟操作。最后斷開設備與汽車的連接，安裝好氧傳感器，啟動汽車，掛 N 檔加速到 2500 轉/分左右，排出排氣管里的殘留液體。

通常每行駛 3 萬公里需清洗三元催化器，當感覺車輛廢油、動力下降時，或者車輛每次作清洗噴油嘴、節氣門和進氣道養護完成時，以及車輛每年尾氣工況檢測前，也都需要清洗。