在 4S 店做發動機清潔和在普通汽修店做主要有以下不同。

4S 店做發動機清潔，零部件通常是原廠的，質量有保障，不會以次充好。4S 店專注于一個品牌，對該品牌車輛更了解，排查故障和維修保養相對更專業。而且 4S 店有自己的一套操作規范，任何操作都在可控范圍內，服務標準統一。其維修人員的專業素養更高，接受過更專業的培訓和考核。另外，4S 店的維修設備也更先進，能更好地處理復雜問題。但 4S 店收費較高。

普通汽修店做發動機清潔，規模小，運營成本低，收費相對合理。汽修店更注重快速解決車輛故障，不過服務標準可能難以與 4S 店看齊。汽修店維修人員更多是靠過往經驗進行保養和維修，水平參差不齊，可能缺少專業儀器，對新車型有時會束手無策。

新車在質保期內，建議在 4S 店做發動機清潔，以免脫保。出保后，如果追求專業和品質保障，能接受較高費用，可選 4S 店；如果注重性價比，對車輛狀況有一定了解，普通汽修店也是可以的。

總之，選擇 4S 店還是普通汽修店做發動機清潔，要根據車輛情況、個人需求和經濟狀況來決定。