電子油門加速器存在一些缺點，可能會影響車輛的安全性能。

其主要缺點包括：車輛油門不好控制，手動擋車型加裝后，起步或換擋時油離配合更難，可能出現加油不走或車輛憋死的情況；

會增加車輛油耗，雖增加程度一般可接受，但長期來看也是一筆額外開支；

駕駛變得不方便，駕駛風格更激進，自動擋車型降擋更積極，在復雜路況或雨雪天氣下，會給駕駛者帶來不便，產生安全隱患。

由于電子油門加速器讓油門反應更靈敏，踏板行程縮短，原來的半油門可能變成全油門，這加大了油門控制的難度。

而且所有油門信號都需通過電子油門傳遞給ECU，若其質量不佳出現故障，會導致油門失控。

要解決這些問題，首先，在考慮安裝電子油門加速器前，應充分了解自身車輛的性能和駕駛需求，謹慎選擇。其次，若已安裝，要加強練習，適應其更靈敏的油門反應，提高駕駛技巧。對于可能出現的故障，應選擇質量可靠的產品，并定期檢查維護，確保其正常運行。

總之，雖然電子油門加速器能帶來一定的加速快感，但也存在諸多弊端，需要車主綜合考量，以保障駕駛的安全和舒適。