作為豐田MR2系列的最后一代車型，代號ZZW30的MR-S于1999年問世。這款車回歸駕駛樂趣的本質，摒棄了渦輪增壓發動機，將整車重量控制在1000kg以內。盡管價格更為親民，但MR-S未能趕上最佳時機，在堅持了八年后不得不停產。

早在1995年東京車展上，豐田就展出了名為MRJ的概念車，當時被視為第二代MR2的繼任者。然而，由于正值SUV興起的時代，加上日本經濟泡沫化的影響，豐田對新車開發的積極性較低。直到1999年，MR-S才正式面世。這款車從雙門雙座設計改為敞篷形式，在車身尺寸、機械結構、性能和售價等方面都較上一代更為精簡，但依然保持了中置引擎后輪驅動的設計，帶來出色的駕駛樂趣。車身尺寸為3885×1695×1235mm，軸距2450mm。造型比第二代更為內斂，取消了跳燈，車頂也改用手動軟篷取代T-Bar結構，使整車重量降至970kg，比第二代輕了約230kg。

內飾方面強調簡潔實用，最顯著的特征是兩個運動型桶椅。標準配置包括：白底三環冷光儀表盤、方向盤換擋按鈕、手動空調、2DIN音響主機、鋁合金油門/剎車/離合器踏板、電動車窗、金屬排擋桿頭（僅自動擋）、電動折疊后視鏡以及小型液壓助力轉向系統（EHPS）。另外，廠家還為車主提供了可拆卸的FRP硬頂選配。

動力系統采用代號1ZZ-FE的1794cc直列四缸DOHC VVT-i噴射發動機，最大輸出功率為140hp，峰值扭矩17.4kgm。初期配備五速手動變速箱，2000年8月追加了五速序列式手自一體變速箱，2002年小改款時升級為六速序列式手自一體變速箱。這些改進讓最小轉彎半徑僅為5.0米的MR-S駕駛樂趣更上一層樓，平均油耗達到14.0km/L。底盤采用前后麥弗遜式獨立懸掛。

2002年的小改款對前保險杠進氣口造型進行了優化，并增加了兩側霧燈，尾燈改為雙圓柱設計，整體外觀更顯精致。輪胎規格也從前185/55R15、后205/50R15升級為前205/50R15、后215/45R16。2006年11月推出限量1000臺的"MR-S Final Version"終極版，采用紅色真皮內飾、座椅和軟篷，彰顯其獨特性。

MR-S是1984年上市的MR-2第三代車型，也是日本唯一的中置引擎后輪驅動敞篷小跑車。該車上市時正值日本經濟泡沫前期，當時消費者購買跑車就像買普通家用車一樣輕松。但隨著經濟泡沫破裂、消費觀念改變和SUV潮流興起，敞篷跑車逐漸成為車企的負擔。最終，MR-S在2007年7月推出限量"Final Version"后正式停產。