CR400AF 和 CR400BF 各具優勢。

從外觀上看，CR400AF 頭部玻璃平、側面有凸尖線，車身銀灰色為主，設計考慮中國龍元素；CR400BF 頭部玻璃凸、側面平緩，參考了金鳳元素。

設計和生產廠家不同，CR400AF 由中車青島四方機車有限公司設計，生產商為中車青島四方機車和 BST；CR400BF 由中車長春軌道客車有限公司設計，生產商為中車長春軌道客車和唐山機車。

技術來源也有別，CR400AF 更偏向 CRH380A 的扁平流線型造型，CR400BF 外形采納 CRH380B 相對圓潤的外形，且傳承德系機車重功率特性，功率比 CR400AF 大。

在風擋方面，CR400BF 量產型改用壓縮式橡膠外風擋是為便于動所方面和滿足與 CR400AF 風擋通用性需要，CR400AF 有車間減振器，是因轉向架牽引裝置設計不同，回中力較弱，高速運行時維持直線較難，所以配備，但乘坐體驗上比 CR400BF 略差，不過其轉向架設計更簡潔，便于維護，制造效率不高。

運行方面，CR400AF 運行總阻力、總功率和總能耗略小于 CR400BF。

總之，兩款車設計理念各有利弊，用戶可根據自身需求和偏好來選擇。