水陸兩棲車的制造難點主要有以下幾個方面。

首先，車體結構設計是一大難題。要讓車輛在陸地保持高速行駛，在水中像快艇一樣靈活，這對車體的流線型設計要求極高，需確保在不同環境下都能減少阻力。比如后輪窩的設計，需要配置輪窩補償裝置，在陸地行駛時折疊收起，水上行駛時展開保證流線型以減小水阻。

其次，動力系統的配置和優化難度大。要實現動力在陸地和水上的合理分配與高效傳遞，確保車輛在不同環境下都有足夠的動力和速度。例如有的車型因車身較重，在水中行駛緩慢，動力系統的改進就至關重要。

再者，安全性能的保障也不容易。車輛在水面行駛時，要確保穩定性和操控性，避免出現進水等危險情況。

還有，整車的輕量化也是個挑戰。減輕車重有助于提高車輛在水中的性能，但同時不能影響其在陸地的承載和越野能力。

此外，制造水陸兩棲車需要綜合考慮各種復雜環境下的通過能力，如爬坡、過松軟地形等，這對車輛的懸掛、履帶等部件的設計和性能提出了很高的要求。